Nordsøfonden er organiseret i en enkel linjestruktur, der afspejler olie- og gasindustriens værdikæde fra efterforskning over produktion til salg af olie og gas. Herudover afspejler organisationsmodellen Nordsøfondens hovedmålsætninger.

Med udgangspunkt i Nordsøfondens organisatoriske hovedmålsætninger om:
- Maksimal værdiskabelse
- Kontrol med finansiel eksponering og risikostyring
- Optimal dimensionering og anvendelse af fondens begrænsede personaleressourcer, samt
- Målrettet og omkostningseffektiv brug af eksterne støtteenheder
er fonden inddelt i 4 teams, der arbejder i en flad organisation, hvor mange opgaver løses på tværs af organisationen. Teamlederne for de enkelte teams skal sammen med teamet løse og prioritere arbejdsopgaver med henblik på bedst mulig risikostyring og værdiskabelse.